小新一行人带着小建回到了真新镇，小新几人回到了自己家，在家里发现了小刚在自己家。小刚由于被甩了，回到了小智家里，小刚在自己家里生活很久。
小新几人带着小建来到了大木博士研究所，小建见到了大木博士，开始跟大木博士一番交流，后面小茂旅行后也回到了自己家里。
小智和小茂开始了1v1的对战，小智派出了皮卡丘，小茂派出了伊布，小新查看了精灵数据。
精灵：伊布
性别：雄
资质：天王
特性：适应力
等级：69级
属性：一般
技能：铁头功，咒语，猛毒素，猛撞，摇尾巴，泰山压顶等。
在小智和小茂的对战中，伊布艰难的获胜了。小茂独自一个走开了。小新一行人回到了家里吃了晚饭，小建想要和大木博士一起研究精灵，留在了研究所，小新让小智几人在家等着他。
小新带着喷火龙和千年鬼斯朝着巨大快龙的栖息地出发了，小新准备收服巨大快乐一族。
在小新一阵赶路的时间后，来到了巨大快龙的地方，小智放出了鬼斯和巨大快龙还有快龙一族交谈，在巨大快龙知道小新有其他巨大的精灵后，随后和小新展开了对战，在喷火龙和巨大快龙对战，小智开始了超进化，喷火龙X。
精灵：超级喷火龙
性别：雄
特性：坚硬之爪
资质：三级神
等级：100级
实力：二级神
属性：火，龙
技能：龙舞，剑舞，利爪，龙之爪，逆鳞，龙之怒，龙之波动，破坏光线等。
小新看着有了二级神实力的喷火龙，心里一片翻腾，最后小新击败了巨大快龙，收服了快龙一族。小新赶回了生态园，看着自己生态园里面的精灵，自己一阵自豪。
小新把自己的精灵都放在了生态园，带着化石翼龙，喷火龙和小智几人汇合了，再次去到了大木研究所，大木博士委托小新几人帮忙把GS球送到侩皮镇的钢铁先生手里。
小新几人准备参加成都联盟，小新几人快抵达成都若叶镇的森林里面遇到了浓雾，小新一行人遇到了水君。小新赶紧查看了水君的数据。
精灵：水君
性别：雄
特性：精神力
资质：三级神
等级：100级
实力：三级神
属性：水
技能：咬咬，瞪眼，泡沫光线，求雨，极光束，起风，白雾，镜面反射，冰冻牙，顺风，冥想，神通力，水炮等。
小新让小智几人先走，小新朝着水君的地方追了回去，走了很久的路程，小新遇到了水君，小新放出了喷火龙，开始了超进化，进化成为了Y。
精灵：超级喷火龙Y
性别：雄
特性：干旱
资质：三级神
实力：二级神
等级：100级
属性：火，飞，龙
技能：火花，利爪，龙之怒，喷射火焰，火焰漩涡，大字爆，大晴天等。
小新看了喷火龙的2种形态，一种是喷火龙的爪子得到了强化，一种是火系技能得到了加强。
小新和水君一番对战，收服了水君，小新也不知道收服了水君会不会引起凤王的注意，不过小新不在意。
随后小新来到了若叶镇的精灵医院遇到了小智几人，在一番了解后，乔伊小姐去到了空木博士研究所，小新几人朝着空木博士研究所走去。
小新一行人来到了空木博士研究所，看到了空木博士研究所发生事情，在一番了解情况后，知道了研究所的小锯鳄被偷走了，小新几人开始帮助空木博士和君沙小姐找到了犯罪分子火箭队三人组，小新击飞了火箭队三人组。救回了小锯鳄。
随后来到了空木博士研究生，一阵交流后，小新几人知道了空木博士是大木博士的弟子，然后和大木博士视频聊天后，小新几人来到了精灵中心，登记了成都联盟大会，检查了精灵，小新把水君传送回去生态园，随后在精灵中心休息了。
第二天小新一行人朝着第一个道馆桔梗市出发了，在遇到了新人训练家奈奈，奈奈使用菊草叶击败了小拉达，收服了小拉达的奈奈才注意到了小新几人。最后奈奈想要和小新与小智比赛，小智轻松的让喷火龙击败了奈奈的三只精灵。
小新一行人和奈奈分别后，继续朝着桔梗市前进，在森林里面遇到欺负精灵的大甲一族，被欺负赫拉克罗斯一族。小智看到了一只保护其他弱小精灵的赫拉克罗斯。小智收服了那只赫拉克罗斯，小新把大甲一族和赫拉克罗斯一族都收服了。
小新一行人来到了一片山谷，遇到了一群遁甲，可惜遁甲不可以收服，然后小新人继续旅行，来到了一片迷惑森林。在森林里面遇到了小茂，小茂告诉小新几人没有咕咕走不出森林，随后小智收服了一只咕咕，小新一行人走出来森林。
小新一行人来到了东门镇，然后大家来到了精灵医院，小新把身上多余的4只赫拉克罗斯传送到生态园，小新几人检查了精灵，在东门镇休息了一天，小新一行人来到了线球镇。
小新一行人在线球镇帮住君沙小姐解决了大盗猫八，在精灵医院休息了一天，小新几人再一次出发了。
小新一行人来到了天母镇，在镇上去到了一只离家出走布卢，布卢的主人也来了，布卢主人招待小新一行人去他家吃了一顿饭，了解布卢离家出走是因为相亲的事情，小新几人帮助了了布卢和主人的沟通事情，布卢和主人和解了。随后小新一行人继续出发了。
小新几人来到了惊角镇，遇到了一群惊角鹿，不愧是用精灵命名的小镇，小新几人在镇里好好游玩了一番，再一次出发了旅行。
小新几人来到了一片山脉，在山上遇到了一只菊草叶，小智最后收服了菊草叶，小新一行人继续出发了，来到一片湖泊，遇到了一群沼王，小新把这群沼王收服了。
越过了山脉的小新一行人，来到了快乐镇，小新一行人在快乐镇多余4只沼王传送到生态园，好好休息一天，朝着明天的目的地桔梗是出发了。
小新一行人终于来到了桔梗市，路过精灵学校，跑了一群大群小朋友，他们都很喜欢精灵，小新几人派出了自己的精灵在学校教导了一下精灵的知识。小新几人在学校呆了一天。
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